MS/MS肽段测序，又称串联质谱肽段测序，是蛋白质组学研究中的一项关键技术。蛋白质是生命活动的核心执行者，其结构和功能的变化直接影响生物体的健康和疾病状态。MS/MS肽段测序的原理是通过质谱仪将蛋白质样品离子化，随后通过多级质谱分析对其进行肽段碎片化。通过对这些碎片的质量分析，研究人员可以重构出蛋白质的原始氨基酸序列。在现代生物科学研究中，这项技术被广泛应用于蛋白质识别、功能研究、蛋白质修饰分析等多个领域。其主要作用在于通过对蛋白质的精确分析，帮助科学家揭示蛋白质的结构、功能以及其在生物过程中扮演的角色。MS/MS肽段测序还可以用于疾病机制研究、药物靶点发现以及生物标志物的鉴定等。这些应用不仅推动了基础生物学的研究，还在临床诊断和治疗方案的制定中发挥作用。由于质谱技术的高灵敏度和高分辨率，该技术能够在复杂的生物基质中检测到低丰度的蛋白质，并对其进行详细分析。对于蛋白质组学的研究者而言，掌握MS/MS肽段测序技术不仅能够帮助其深化对蛋白质的理解，还能为其他生物分子相互作用研究提供数据支持。

一、MS/MS肽段测序的技术流程

1、样品准备

（1）蛋白质提取及酶解：从生物样品中提取蛋白质通常通过细胞裂解和蛋白质沉淀等方法实现。提取出的蛋白质需进行酶解，以便将其切割成较小的、多肽形式。酶解反应的条件如温度、pH值及酶与底物的比例等需经过优化，以确保反应的完全性和重复性。

（2）纯化步骤：酶解后的混合物中可能含有盐、脂类和其他干扰物质，这些杂质会影响后续质量分析的灵敏度和准确性。常用的纯化方法包括液相色谱（如反相高效液相色谱，RP-HPLC），其通过分离不同极性的肽段来提高纯度。

2、质谱分析

（1）电离：纯化的肽段通常通过电喷雾电离（ESI）或基质辅助激光解析电离（MALDI）技术进行电离，生成带电离子的肽段用于质谱分析。

（2）质谱测定：电离的肽段离子被送入质谱仪进行质量测定。使用串联质谱（MS/MS）技术，通过第一次质量分析（MS1）选择特定的前体离子，然后在碰撞池中进行碎裂，产生子离子，再通过第二次质量分析（MS2）确定子离子的质量数。通过对这些数据的解析，推导出原始肽段的氨基酸序列。

3、数据分析

（1）序列鉴定：利用专门的软件（如Mascot、Sequest）将MS/MS数据与已知的蛋白质数据库进行比对，识别肽段的序列。此步骤依赖于精确的质量测定和高效的算法处理，以实现高准确度的鉴定。

（2）结果验证：通过生物信息学工具和实验验证，确认鉴定结果的可靠性，确保肽段序列的正确性和生物学意义。

二、MS/MS肽段测序的局限性

1、样品复杂性

样品通常包含多种蛋白质，可能导致质谱分析过程中出现重叠信号，增加数据解释的难度。

2、技术限制

碎片离子覆盖不足：在MS/MS过程中，产生的碎片离子可能无法完全覆盖目标肽段的所有键结，导致序列信息不完整。

3、数据分析挑战

肽段测序通常依赖于现有的蛋白质序列数据库，未知或未收录的蛋白质可能无法准确鉴定。且数据分析涉及复杂的算法和计算，可能导致计算时间长、错误率增加，对分析人员的技术水平要求较高。

百泰派克生物科技以其先进的技术和专业的团队，为客户提供高质量的多肽测序服务。我们致力于提供精确、可靠的蛋白质分析解决方案，以满足不同研究领域的需求。无论是基础研究还是应用开发，我们的多肽测序服务都能为您提供详尽的数据支持和深入的结果分析。通过与我们合作，您将获得及时的反馈和专业的技术支持，助力您的研究迈向新高度。我们期待与您携手合作，推动科学发现和技术创新。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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